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Publication/論文・著書

◆論文◆

41) Kumamoto, S., Yamamoto, A., Shiratsuchi, Y., Matsuo, K., Higashiura, A., Hira, D. Structural investigations of cargo molecules inside icosahedrally symmetric encapsulin by VUVCD spectroscopic measurements. Chirality. 2024 doi: 10.1002/chir.23700.

40) Kadooka C, Tanaka Y, Hira D, Oka T. Identification of a putative α-galactoside β-(1 → 3)-galactosyltransferase involved in the biosynthesis of galactomannan side chain of glucuronoxylomannogalactan in Cryptococcus neoformans. Front. Microbiol. 2024 May 22;15:1390371. doi: 10.3389/fmicb.2024.1390371.

39) Kadooka, C., Tanaka, Y., Kishida, R., Hira, D., Oka, T. Discovery of α-(1→6)-linked mannan structures resembling yeast N-glycan outer chains in Aspergillus fumigatus mycelium. mSphere. 2024 May 29;9(5):e0010024. doi: 10.1128/msphere.00100-24.

38) Kubo Y, Tanizaki Y, Hira D, Nakayama Y, Kadooka C, Oka T. Complete genome sequence of Bacillus subtilis subsp. natto NARUSE using PacBio sequencing. Microbiol. Resour. Announc. 2023 Nov 20:e0057823. doi: 10.1128/MRA.00578-23.

37) Kadooka C, Tanaka Y, Hira D, Maruyama JI, Goto M, Oka T. Identification of galactofuranose antigens such as galactomannoproteins and fungal-type galactomannan from the yellow koji fungus (Aspergillus oryzae). Front. Microbiol. 2023 Feb 6;14:1110996. doi: 10.3389/fmicb.2023.1110996.

​36) Kadooka, C., Hira, D., Tanaka, Y., Miyazawa, K., Bise, M., Takatsuka, S., Oka, T., Identification of an α-(1→6)-mannosyltransferase contributing to biosynthesis of the fungal-type galactomannan α-core-mannan structure in Aspergillus fumigatus, mSphere, 2022, Dec 21;7(6):e0048422. doi: 10.1128/msphere.00484-22

35) Kadooka, C., Hira, D., Tanaka, Y., Chihara, Y., Goto, M., Oka, T., Mnt1, an α-(1 → 2)-mannosyltransferase responsible for the elongation of N-glycans and O-glycans in Aspergillus fumigatus, Glycobiology, 2022, cwac049, doi: 10.1093/glycob/cwac049

34) Hira, D., Onoue, T., Oka, T., Structural basis for the core-mannan biosynthesis of cell wall

fungal-type galactomannan in Aspergillus fumigatus. The Journal of Biological Chemistry, vol. 295, pp.15407-15417, 2020, doi: 10.1074/jbc.RA120.013742

33) Yamamoto, Y.Yamamoto, Y., Saita, T., Hira, D.Chijiwa, T.Shin, M., Immunohistochemical Pharmacokinetics of the Anti-diabetes Drug Alogliptin in Rat Kidney and Liver. Acta Histochemica et Cytochemica, vol. 53, pp.55-60, 2020, doi: 10.1267/ahc.19036

32) Hira, D., Matsumura, M., Kitamura, R., Furukawa, K., Fujii, T., Unique hexameric structure of copper-containing nitrite reductase of an anammox bacterium KSU-1. Biochemical and Biophysical Research Communications, vol.526, pp.654-660, 2020, doi: 10.1016/j.bbrc.2020.03.144

31) Kobayashi, S., Hira, D., Yoshida, K., Toyofuku, M., Shida, Y., Ogasawara, W., Yamaguchi, T., Araki, N. and Oshiki, M., Nitric oxide production from nitrite reduction and hydroxylamine oxidation by copper-containing dissimilatory nitrite reductase (NirK) from the aerobic ammonia-oxidizing archaeon, Nitrososphaera viennensis. Microbes Environ. vol.33, pp. 428-434, 2018, https://doi.org/10.1264/jsme2.ME18058

30) Hira, D., Kitamura, R., Nakamura, T., Yamagata,  Y., Furukawa, K., Fujii, T., Anammox Organism KSU-1 Expresses a Novel His/DOPA Ligated Cytochrome c. Journal of Molecular Biology, vol.430, pp.1189-1200, 2018, doi: 10.1016/j.jmb.2018.02.017

 ※Front cover に採用 (https://www.journals.elsevier.com/journal-of-molecular-biology/covers-gallery/cover-of-volume-430-issue-21)

29) Hira, D., Aiko, N., Yabuki, Y., Fujii, T., Impact of aerobic acclimation on the nitrification performance and microbial community of landfill leachate sludge. Journal of Environmental Management, vol.209, pp.188-194, 2018, doi: 10.1016/j.jenvman.2017.12.056 

28) 相子伸之, 中西博隆, 平大輔, 塩分濃度が海面埋立管理型廃棄物処分場調整池底泥の硝化作用に及ぼす影響, 日本水処理生物学会誌, vol.53, No.4, pp.129-137,2017, doi: 10.2521/jswtb.53.129

27) Ren, LF., Liang, S., Ngo, H.H., Guo, W., Ni, SQ., Liu, C., Zhao, Y.K., Hira, D., Enhancement of anammox performance in a novel non-woven fabric membrane bioreactor (nMBR), RSC advances, vol.5, pp.86875-86884, 2015, doi:10.1039/C5RA16802C

26) Ali, M., Oshiki, M., Awata, T., Isobe, K., Kimura, Z., Yoshikawa, H., Hira, D., Kindaichi, T., Satoh, H., Fujii, T., Okabe, S., Physiological Characterization of Anaerobic Ammonium Oxidizing Bacterium 'Candidatus Jettenia caeni'. Environmental microbiology, vol.17, No.6, pp.2172-2189, 2015, doi: 10.1111/1462-2920.12674

25) Irisa, T., Hira, D., Furukawa, K., Fujii, T., Reduction of nitric oxide catalyzed by hydroxylamine oxidoreductase from an anammox bacterium. Journal of Bioscience and Bioengineering, vol.118, No.6, pp.616-621, 2014, doi: 10.1016/j.jbiosc.2014.05.018

24) 岡本裕行, 平大輔, 西山孝, 藤井隆夫, 古川憲治, “高機能anammoxリアクタに関する研究”, 化学工学論文集, vol.39, No.3,pp.197‒205, 2013, doi:10.1252/kakoronbunshu.39.197

23) Hira, D., Toh, H., Migita, C.T., Okubo, H., Nishiyama, T., Hattori, M., Furukawa, K.,・Fujii, T., Anammox organism KSU-1 expresses a NirK-type copper-containing nitrite reductase instead of a NirS-type with cytochrome cd1. FEBS Letters, vol.586, No.11, pp.1658-1663, 2012, doi: 10.1016/j.febslet.2012.04.041

22) Phan, T., Nguyen, P., Bui, X., Hira, D., Furukawa, K., Study on the application of anammox process using polyester non-woven biomass carrier reactor (PNBCR) for latex processing wastewater treatment. Journal of Water and Environment Technology, vol.10, No.2, pp.217-227, 2012, doi: 10.2965/jwet.2012.217

21) Zhang, L., Jiang, J., Yang, J., Hira, D., Furukawa, K., High rate nitrogen removal by the CANON process at ambient temperature. Water Science Technology, vol.65, No.10, pp.1826-1833, 2012, doi: 10.2166/wst.2012.870

20) Khanh, D., Quan, L., Zhang, W., Hira, D., Furukawa, K., Effect of temperature on low-strength wastewater treatment by UASB reactor using poly(vinyl alcohol)-gel carrier, Bioresource Technology, vol.102, No.24, pp.11147-11154, 2011, doi: 10.1016/j.biortech.2011.09.108

19) Quan, L., Khanh, D., Hira, D., Fujii, T., Furukawa, K., Reject water treatment by improvement of whole cell anammox entrapment using polyvinyl alcohol/alginate gel. Biodegradation, vol.22, No.6, pp.1155-1167, 2011, doi: 10.1007/s10532-011-9471-3

18) Li, Z., Hira, D., Fujii, T., Furukawa, K., Treatment capability and microbial community of anammox process using PVA gel beads as biomass carriers. Japanese Journal of Water Treatment Biology, vol.47, No.4, pp.137-145, 2011

17) Ma, Y., Hira, D., Li, Z., Chen, C., Furukawa, K., Nitrogen removal performance of a hybrid anammox reactor. Bioresource Technology, vol.102, No.12, pp.6650-6656, 2011, doi: 10.1016/j.biortech.2011.03.081

16) Li, Z., Ma, Y., Hira, D., Fujii, T., Furukawa, K., Factors affecting the treatment of reject water by the anammox process. Bioresource Technology, vol.102, No.10, pp.5702-5708, 2011, doi: 10.1016/j.biortech.2011.03.001

15) Zhang, L., Yang, J., Hira, D., Fujii, T., Zhang, W., Furukawa, K., High-rate nitrogen removal from anaerobic digester liquor using an up-flow anammox reactor with polyethylene sponge as a biomass carrier. Journal of Bioscience and Bioengineering, vol.111, No.3, pp.306-311, 2011, doi: 10.1016/j.jbiosc.2010.10.010

14) Yamamoto, T., Wakamatsu, S., Qiao, S., Hira, D., Fujii, T., Furukawa, K., Partial nitritation and anammox of a livestock manure digester liquor and analysis of its microbial community. Bioresource Technology, vol.102, No.3, pp.2342-2347, 2011, doi: 10.1016/j.biortech.2010.10.091

13) Yang, J., Zhang, L., Hira, D., Fukuzaki, Y, Furukawa, K.,  Anammox treatment of high-salinity wastewater at ambient temperature. Bioresource Technology, vol.102, No.3, pp.2367-2372, 2011, doi: 10.1016/j.biortech.2010.10.101

12) Zhang, L., Yang, J., Hira, D., Fujii, T., Furukawa, K., High-rate partial nitrification treatment of reject water as a pretreatment for anaerobic ammonium oxidation (anammox). Bioresource Technology, vol.102, No.4, pp.3761-3767, 2011, doi: 10.1016/j.biortech.2010.12.008

11) Yang, J., Zhang, L., Hira, D., Sato, T., Furukawa, K., High-rate nitrogen removal by the anammox process at ambient temperature. Bioresource Technology, vol.102, No.2, pp.672-676, 2011, doi: 10.1016/j.biortech.2010.08.039

10) Yang, J., Zhang, L., Fukuzaki, Y., Hira, D., Furukawa, K., High-rate nitrogen removal by the anammox process with a sufficient inorganic carbon source. Bioresource Technology, vol.101, No.24, pp.9471-9478, 2010, doi: 10.1016/j.biortech.2010.07.087

9) Fujii, T., Ukita, S., Hira, D., Kawase, T., Nishiyama, T., Migita, T., Furukawa, K., A heterodimeric c-type cytochrome c complex with very low redox potential from an anaerobic ammonium-oxidizing enrichment culture. FEMS Microbiological Letters, vol.313, No.1, pp.61-67, 2010

8) Yang, J., Zhang, L., Hira, D., Sato, T., Ma, Y., Li, Z., Furukawa, K., High rate partial nitrification treatment of reject wastewater. Journal of Bioscience and Bioengineering, vol.110, No.4, pp.436-440, 2010, doi: 10.1016/j.jbiosc.2010.05.003

7) Li, Z., Ma, Y., Zhang, L., Yang, J., Hira, D., Fujii, T., Furukawa, K., Characteristics of anammox granular sludge in a stirred tank reactor. Japanese Journal of Water Treatment Biology, vol.46, No.3, pp.145-153, 2010

6) Nojiri, M., Shirota, F., Hira, D., Suzuki, S., Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the soluble domain of PPA 0092, a putative nitrite reductase from Propionibacterium acnes. Acta Crystallographica Section F, vol.65, pp.123-127, 2009

5) Hira, D., Nojiri, M., Suzuki, S., Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a complex between electron-transfer partners, hexameric Cu-containing nitrite reductase and pseudoazurin. Acta Crystallographica Section F, vol.65, pp.116-119, 2009

4) Hira, D., Nojiri, M., Suzuki, S., Atomic resolution structure of pseudoazurin from the methylotrophic denitrifying bacterium Hyphomicrobium denitrificans: structural insights into its spectroscopic properties. Acta Crystallographica Section D, vol.65, pp.85-92, 2009

3) Hira, D., Nojiri, M., Yamaguchi, K., Suzuki, S., Identification of a blue copper protein from Hyphomicrobium denitrificans and its functions in the periplasm. Journal of Biochemistry, vol.142, No.3, pp.335-341, 2007

2) Nojiri, M., Hira, D., Yamaguchi, K., Okajima, T., Tanizawa, K., Suzuki, S., Crystal structures of cytochrome cL and methanol dehydrogenase from Hyphomicrobium denitrificans: Structural and mechanistic insights into interaction between the two proteins. Biochemistry, vol.45, No.11, pp.3481-3492, 2006

1) Nojiri, M., Hira, D., Yamaguchi, K., Okajima, T., Tanizawa, K., Suzuki, S., Preparation and characterization of Ca2+-free methanol dehydrogenase from Hyphomicrobium denitrificans A3151. Chemistry Letters, vol.34, No.7, pp.1036-1037, 2005

◆Proceedings(国際会議 査読付)◆

14) Hira, D., Yamagiwa, Y., Aiko N., Fujikawa, Y., Furukawa, K., Fujii, T., Microbial community analysis of anammox and associated processes. Proceedings of the 4th International Anammox Symposium (IANAS2019), Osaka, Japan, 2019

13) Fujikawa, Y., Hira, D.,  Suzuki, I., Hung, P.D., Fujii, T., Kokubun, K., Furukawa, K., Microbiome analysis of samples from a single stage partial nitritation-anammox reactor used for treatment of groundwater. Proceedings of the 4th International Anammox Symposium (IANAS2019), Osaka, Japan, 2019

12) Fujikawa, Y., Hung P.D., Hira, D., Fujii, T., Ozaki, H., Furukawa, K., Performance of a 500 L SNAP reactor placed in the downstream of biological filtration system for removal of arsenic from groundwater. Proceedings of the 4th International Anammox Symposium (IANAS2019), Osaka, Japan, 2019

11) Akagi, T., Yamagiwa, Y., Hira, D., Aiko, N., Furukawa, K., Construction of SNAP reactor using attached biomass on acrylic pile fabrics installed in reservoir leachate at sea-based landfill sites. Proceedings of the 4th International Anammox Symposium (IANAS2019), Osaka, Japan, 2019

10) Yamagiwa, Y., Akagi, T., Hira, D., Furukawa, K., Nitrogen removal from low strength ammonium containing wastewater by SNAP process using acrylic pile fabrics as biomass carrier. Proceedings of the 4th International Anammox Symposium (IANAS2019), Osaka, Japan, 2019

9) Aiko, N., Yamagiwa, Y., Hira, D., Suwa, Y., Accumulation of anammox sludge from leachate of adjustment reservoir of controlled final landfill site. Proceedings of the 4th International Anammox Symposium (IANAS2019), Osaka, Japan, 2019

8) Hira, D., Matsumura, M., Furukawa, K., Fujii, T., Structure and function of copper-containing nitrite reductase and its electron donor protein from the anammox bacterium KSU-1, Proceedings of The Third International Anammox Symposium, 56-57, Dailian, China, 2015

7) Fujii, T., Hira, D., Furukawa, K., Identification and characterization of two c-type cytochromes from the anammox bacterium strain KSU-1, Proceedings of The Third International Anammox Symposium, 25-26, Dailian, China , 2015

6) Fujikawa, Y., Hung, P.D., Hira, D., Fujii, T., Ozaki, H., Furukawa. K., Potable water treatment of groundwater in Vietnam by a single stage ammonium removal using anammox process, Proceedings of The Third International Anammox Symposium, 87-88, Dailian, China , 2015

5) Aiko, N., Yabuki, Y., Hira, D., Nakamura, T., Suwa, Y., Effect of nitrate addition of anammox activities in sediment from the bottom of leachate adjustment reservoir of controlled final landfill site, Proceedings of The Third International Anammox Symposium, 128-129, Dailian, China , 2015

4) Fujii, T., Hira, D., Nishiyama, T., Furukawa, K., Re-characterization of hydroxylamine oxidoreductase of anammox bacteria, Proceedings of The Second International Anammox Symposium, 61-62, Seoul, Korea , 2013

3) Hira, D., Okubo, H., Ichikawa, S., Furukawa, K., Fujii, T., Hydrazine synthase from an Anammox Bacterium Strain KSU-1, Proceedings of The Second International Anammox Symposium, 65-66, Seoul, Korea, 2013

2) Hira, D., Nakamura, T., Yamagata, Y., Fujii, T., Furukawa, K., Structural analyses of a heterodimeric cytochrome c complex from a anammox bacterium strain KSU-1, The First International Anammox Symposium, 289-296, Kumamto, Japan, 2011

1) Fujii, T., Hira, D., Nishiyama, T., Furukawa, K., Heme- proteins expressed in soluble fraction in cells of anammox bacteria, The First International Anammox Symposium, 273-280, Kumamto, Japan, 2011

◆著書・総説

6) 平大輔, 平とも子他, タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例, 第4章 分子シミュレーションによるタンパク質構造予測, 第7節 OpenMMによるタンパク質のMDシミュレーション, 技術情報協会, pp.271-277, 2023

5) 平大輔, 武川将士, 小野徳昭, 嫌気性アンモニア酸化「アナモックス」の基礎と排水処理への応用, B&I,  80,4, pp.1-4, 2022

4) 城宜嗣, 津本浩平, 古川良明, 神戸大朋, 平大輔他, 生命金属ダイナミクス ~生体内における金属の挙動と制御~, 第3章 維持ー微生物と金属ー, 第2節 微生物による嫌気性アンモニア酸化(anammox), エヌ・ティー・エス, pp.100-106, 2021

3) E.Bryson,  J.Willis平大輔, 岡拓二, 大嶋康裕, バイオサイエンスのための数学『超』入門講座, 化学同人

2) 平大輔, 嫌気性アンモニア酸化(anammox)菌特有のヒドラジン合成酵素, 生物工学会誌, vol.91, No.12,pp. 717, 2013

1) 野尻正樹, 平大輔, 山口和也, 鈴木晋一郎, 窒素サイクルを支える銅酵素の新しい構造― 分子レベルで解明した亜硝酸還元酵素の構造と機能. 化学, vol.62, No.9, pp.48-52, 2007

Funding/科研費・財団等の研究助成金

◆科研費◆

9)科学研究費助成事業 基盤研究 (C), 2023-2025年度, エンカプスリンナノ粒子への難発現タンパク質内包機構の解明と応用, 4,810千円, 代表

8)科学研究費助成事業 基盤研究 (C), 2019-2021年度, タンパク質工学的応用を目指したエンカプスリンナノ粒子の構造生物学的研究, 4,420千円, 代表

7) 科学研究費助成事業 基盤研究 (C), 2016-2018年度, anammox菌のシトクロムc成熟系の反応機構解明と応用,  4,917千円, 代表

6) 科学研究費助成事業 基盤研究(C), 2014-2016年度, 嫌気性アンモニア酸化(anammox)は温暖化ガス亜酸化窒素を生成するか,  4,810千円, 分担(代表:崇城大学生物生命学部 藤井隆夫)

5) 科学研究費助成事業 基盤研究(B), 2014-2016年度,  アジア途上国のアンモニア汚染地下水を水道水として利用するためのアナモックス法開発,  16,120千円, 分担(代表:京都大学原子炉実験所 藤川陽子)

4) 科学研究費助成事業 若手研究(B),2013-2014年度, 構造生物学的研究によるanammox菌特有ヒドラジン合成酵素系の反応機構解明,3,640千円, 代表

3) 科学研究費助成事業 基礎研究(C), 2011-2013年度, 嫌気性アンモニア酸化(Anammox)細菌の無細胞反応系の構築, 5,720千円, 分担(代表:崇城大学生物生命学部 藤井隆夫)

2) 科学研究費助成事業 若手研究(B), 2010-2011年度, Anammox菌特有蛋白質の機能解明とその遺伝子を利用した反応モニター手法の開発,  3,510千円, 代表

1) 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費, 2009-2010年度, ヒト皮膚常在性ニキビ菌が持つ膜結合型亜硝酸還元酵素の構造と機能, 1,200千円, 代表

◆財団等の研究助成金◆

10)一般社団法人ヤンマー資源循環支援機構, 第10回(2023年度)研究助成, トマト共生菌を用いた灰色カビ病防除法の確立, 1,200千円, 代表

9) 公益財団法人発酵研究所, 平成30年度 一般研究助成, 2018年度, ゲノムマイニングおよび培養試験から存在が見いだされた新規な亜硝酸還元酵素の正体と機能をつきとめる, 3,000千円, 分担(代表:長岡工業高等専門学校 押木守)

8) 公益財団法人日本生命財団,平成29年度 ニッセイ財団 環境問題研究助成, 2017年度, 微生物叢解析による排水処理系の水質予測システムの構築, 1,000千円, 代表

7) 大阪湾広域臨海環境整備センター, 平成29年度 廃棄物の適正処理・水処理に係る調査研究助成制度, 2017年度, 一槽式SADシステムによる海面埋立管理型処分場浸出水の高効率・低コストの窒素低減技術の提案(その7), 1,800千円, 分担(代表:地方独立行政法人大阪府立環境農林水産総合研究所 相子伸之)

6) 公益財団法人野田産業科学研究所, 2015年度 野田産研研究助成 奨励研究助成, 2015年度, ヒドラジン合成酵素系の電子伝達複合体構造の解明, 1,000千円, 代表

5) 公益財団法人加藤記念バイオサイエンス振興財団,平成26年度 加藤記念研究助成, 2014-2015年度, anammox菌特有ヒドラジン合成酵素系の反応機構解明, 2,000千円, 代表

4) 公益財団法人廃棄物・3R研究財団,平成25年度 廃棄物・海域水環境保全に係る調査研究費助成, 2013年度, 管理型廃棄物最終処分場の浸出水調整池における自然発生的anammox 反応を利用した窒素低減技術に関する研究(その3), 400千円, 分担(代表:地方独立行政法人大阪府立環境農林水産総合研究所 相子伸之)

3) 公益財団法人クリタ水・環境科学振興財団,平成24年度 国内研究助成, 2012年度, アナモックス菌特有ヒドラジン合成酵素系の反応機構解明とその排水処理への応用, 400千円, 代表

2) 公益財団法人廃棄物・3R研究財団,平成24年度 廃棄物・海域水環境保全に係る調査研究費助成, 2012年度, 管理型廃棄物最終処分場の浸出水調整池における自然発生的anammox 反応を利用した窒素低減技術に関する研究(その2), 400千円 , 分担(代表:地方独立行政法人大阪府立環境農林水産総合研究所 相子伸之)

1) 財団法人蛋白質研究奨励会 金子・成田研究奨励金, 2009年度, 嫌気的アンモニア酸化(Anammox)細菌に特有な機能未知ヘムタンパク質の構造・機能解明, 600千円, 代表

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